Complete screening of exons 2, 3, and 4 of kras and nras genes reveals a higher number of clinically relevant mutations than food and drug administration quantitative polymerase chain reaction-based commercial kits

Abstract Background: The presence of clinically relevant mutations in KRAS and NRAS genes determines the response of anti-epidermal growth factor receptor antibody therapy for metastatic colorectal cancer (mCRC). The only quantitative polymerase chain reaction (qPCR)-based diagnostic tests approved by the Food and Drug Administration (FDA) screen merely for mutations in codons 12 and 13 of KRAS. Objective: The objective of the study was to study the frequency of clinically relevant mutations in KRAS and NRAS genes that are not included in FDA-approved qPCR tests. Methods: Formalin-fixed paraffin-embedded tumor specimens from 1113 mCRC Mexican patients from different health institutions across the country were analyzed by Sanger sequencing for KRAS mutations in exons 2, 3, and 4. Furthermore, 83 were analyzed in exons 2, 3, and 4 of NRAS. Results: From the specimens tested for KRAS, 33.69% harbored a mutation. From these, 71.77% were in codon 12 and 27.69% in codon 13 (both located in exon 2). Codons 59 (exon 3) and 146 (exon 4) accounted for the remaining 0.54%. From the 83 specimens, in which NRAS was analyzed, three mutations were found in codon 12 (3.61%). Approximately 6% of RAS mutated specimens would have been falsely reported as RAS wild type if an FDA-approved qPCR diagnostic test had been used. Conclusions: While these kits based on qPCR can be very practical and highly sensitive, their mutation coverage ignores mutations from poorly genetically characterized populations.

Interacciones entre polimorfismos del gen MTHFR, gestaciones e inicio de vida sexual modifican el riesgo para cáncer cérvico-uterino en una población del noreste de México / The effect of MTHFR polymorphisms, pregnancy and first intercourse on cervical cancer in a population from the Northeastern Mexico

Objective. To investigate the possible association among MTHFR polymorfhisms, environmental factors and cervical cancer (CC) in the Mexican population. Methods. Seventy patients with CC and 89 control women were questioned about clinical data and their 677 and 1298 genotypes of MTHFR gene were analized. Results. Multipregnancies (0-2 vs. > 3, OR 2.1), an early age of first intercourse (IVS) (17 < vs. > 18 years, OR 4.3) or both factors (OR 3.5) were significantly associated with CC. MTHFR 677, 1298 polymorphisms and their combinations were not different between cases and controls. However, a significant association between pregnancies, TVS and MTHFR polymorphisms (presence of 1298C allele or 677TT genotype) was observed. The 1298C allele plus multipregnancies and IVS < 17 years, or both factors, increased 4.3, 5.3, and 11.8 times the risk for CC, respectively, while 677TT genotype changed the risk 2.0, 1.9, and 4.2 times, respectively. Conclusion. The 1298C allele increases the risk of CC strongly in women with multipregnancies and early age of IVS, while 677TT genotype has a lower risk without becoming a protection factor.

Objetivo. Buscar la asociación entre polimorfismos de la enzima metilentetrahidrofolato reductasa (MTHFR), factores ambientales y cáncer cérvico-uterino (CaCU) en mujeres del noreste de México. Métodos. Setenta pacientes con CaCU y 89 mujeres controles se sometieron a un interrogatorio clínico y a genotipificación de los polimorfismos 677C -> T y 1298A -> C del gen MTHFR. Resultados. La multigestación (0-2 vs.> 3, OR 2.1), un temprano inicio de vida sexual (IVS) (17 < vs. > 18 años, OR 4.3) o la combinación de ambos factores (OR 3.5), estuvieron asociados significativamente al CaCU. Los polimorfismos de MTHFR 677, 1298 y sus combinaciones no fueron diferentes entre casos y controles. Sin embargo, se observó una interacción significativa entre las gestaciones, el IVS y los polimorfismos de MTHFR (presencia del alelo 1298C o del genotipo 677TT). El alelo 1298C combinado con multigestación, con un IVS < 17 años, o con ambos factores, incrementó el riesgo para CaCU en 4.3, 5.3 y 11.8 veces, respectivamente, en tanto que el genotipo 677TT modificó este riesgo a 2.0, 1.9, y 4.2 veces, respectivamente. Conclusión. El alelo 1298C incrementa considerablemente el riesgo para CaCU en mujeres multigestas y con un IVS temprano, en tanto que el genotipo 677TT disminuye este riesgo, pero sin llegar a convertirse en un factor protector.

Clinical follow up of Mexican women with early onset of breast cancer and mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes

OBJETIVO: Describir la presencia de mutaciones en los genes BRCA1 y BRCA2 y la evolución clínica de un grupo de mujeres con carcinoma mamario de inicio temprano (CMIT). MATERIAL Y MÉTODOS: Se realizó un estudio hospitalario, prospectivo, en una muestra de 22 pacientes con CMIT (siete en etapa clínica IIA, ocho en la IIB y siete en etapa IIIA). Las pacientes fueron atendidas en un hospital del noreste de México en 1997 y se realizó un seguimiento clínico durante cinco años. El análisis molecular incluyó: 1) análisis heterodúplex (AH) para detectar bandas variantes en la secuencia de ADN de los genes BRCA1 y BRCA2, y 2) análisis de secuenciación.RESULTADOS: De 22 pacientes, 14 (63.6%) mostraron banda variante por AH en los genes BRCA1 y BRCA2: ocho polimorfismos, cuatro mutaciones de significado incierto y dos mutaciones noveles con proteína truncada, una en BRCA1 (exón 11, 3587delT) y otra en BRCA2 (exón 11, 2664InsA). CONCLUSIONES: Estos hallazgos apoyan el desarrollo de futuros estudios para determinar el impacto del factor genético en la población mexicana con CMIT.

Aspectos genéticos del asma / Genetic aspects of asthma

El asma es una enfermedad compleja que está asociada con hiperreactividad bronquial y atopía, cuyo fenotipo ha sido difícil de definir clínicamente. A pesar de los grandes avances en el tratamiento, el asma tiene una alta prevalencia, la cual ha ido incrementándose en los últimos años en México. Una de las razones principales del aumento en la prevalencia y morbilidad es la falta de entendimiento de los mecanismos fundamentales que predisponen a un individuo a desarrollar asma. La agregación de la patología en grupos familiares ha hecho suponer la existencia de factores genéticos involucrados. Sin embargo, identificar factores genéticos involucrados en la predisposición del asma es una tarea sumamente difícil en una enfermedad compleja, ya que el diagnóstico clínico es difícil, la expresión clínica es modulada por factores ambientales y además no sigue un patrón de herencia mendeliano. Actualmente, criterios basados en la historia clínica y estudios de laboratorio permiten hacer un diagnóstico confiable de asma y diseñar estudios genéticos más precisos. Los diversos estudios realizados en gemelos y en familias con la patología han sugerido un patrón de herencia multifactorial, cuya expresión puede ser modificada por múltiples factores ambientales e individuales. Los estudios de "pares de hermanos" y los análisis de ligamiento en familias asmáticas han permitido identificar varias regiones cromosómicas ligadas con el fenotipo clínico, incluyendo a los cromosomas 5, 6, 7, 11 y 14. La búsqueda de genes mayores en estas regiones se ha enfocado en los loci que están involucrados con la respuesta alérgica. Entre estos genes destacan los que están ubicados en el cromosoma 5 y que codifican para la IL-9 y la IL-13. El conocimiento de la interacción entre el medio ambiente y los genes implicados en el desarrollo del asma permitirá la identificación de individuos en riesgo de desarrollar asma y la implementación de medidas de prevención hacia el asma.

Expression of human placental lactogen and variant growth hormone genes in placentas

Previous studies comparing the expression levels of human placental lactogen (hPL) genes have shown varying results, due to, perhaps, the fact that in all of them only one placenta was being analyzed. Here, the expression of hPL and growth hormone variant (hGH-V) genes in fifteen term placentas was comparatively analyzed at the RNA level, using reverse transciption coupled to polymerase chain reaction (RT-PCR). The abundance of the combined RNA transcripts derived from these genes varied from one placenta to another. The authors found that hPL-4 transcripts were more abundant than those of hPL-3 in most samples (ratio from 1:1 to 6:1), transcripts from the putative hPL-1 pseudogene were more abundant at the unprocessed stage while those of the hGH-V gene were mostly processed. Again, the authors of this study observed wide variation from placenta to placenta to placenta in the abundance of both of these types of transcripts. The same was observed when a group of six placentas from abortuses and nine from pregnancies complicated by preclampsia, diabetes and hypertension was studied. The authors conclude that the disagreeing results reported in the literature which are not in agreement concerning the expression levels of hPL gene could be explained by normal variations of their expression levels among the different placentas analyzed

Terapia génica: una breve revisión / Genic therapy: a review

Durante las últimas dos décadas los avances en el campo de la biología molecular ha permitido la identificación de muchas enfermedades hereditarias. No obstante, poco se ha logrado en el área de su tratamiento. La finalidad de la terapia génica es la cura definitiva de las enfermedades asociadas a la ausencia de actividad o a la actividad inadecuada de los productos génicos causados por anormalidades en la información codificada en el ADN. Existen dos alternativas para llevar a cabo la terapia génica; la primera sería la administración del gen normal (sustitución funcional), y la segunda la reparación del gen anormal. Los mayores logros en terapia génica se han derivado de la primera ya que la segunda tiene mayor dificultad técnica. La terapia génica puede realizarse en células germinales y en células somáticas. Por razones éticas la terapia génica en células germinales no se ha permitido llevar a cabo en seres humanos. Las alternativas de tratamiento que brinda la terapia génica tienen como finalidad mejorar la salud de los pacientes para lograr el bienestar humano

Estudio genérico molecular de fibrosis quística en una familia con cuatrillizos / Molecular genetic screening of cystic fibrosis in a family with quadruplets

Se presenta el estudio genético molecular de una familia con una lactante de cuatro meses de edad (cuatrilliza) con síntomas gastrointestinales y respiratorios recurrentes graves, pero niveles de electrolitos en sudor normales. Utilizando la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa e hibridación reversa en marcha (reverse dotblot hybridization) se analizó en la paciente el gen de la proteína reguladora de la conductancia transmembranal de la fibrosis quística, en búsqueda de las mutaciones más frecuentes responsables de la enfermedad en la mayoría de las poblaciones estudiadas a nivel mundial. Se estableció como diagnóstico presuntivo de fibrosis quística un genotipo de heterocigoto compuesto F508/X, siendo X una mutación desconocida y no detectable aún con la metodología aquí empleada. Con la finalidad de proporcionar asesoramiento genético, se extendió el estudio al resto de la familia, resultando portadores de la mutación F508 la madre y un hermano cohorte de la paciente

Análisis molecular de la hemofilia A en familias del noroeste de México / molecular analysis of Hemophilia A in northeastern mexican families

Empleando las técnicas de Southern para la detección de genes por hibridación con una sonda radiactiva de la reacción en cadena de la polimerasa para la amplificación de fragmentos génicos, se practicó el análisis molecular a nivel de ADN para detectar portadoras de la hemofilia A. Este se basó en el estudio del polimorfismo para la enzima de restricción Bcl I presente en el intró 18 del gen para el factor VIII de la coagulación. Se analizaron ocho familias de noroeste de México con antecedentes de la enfermedad, que comprendieron un total de 43 individuos. De las 27 mujeres que formaban parte de la muestra, 17 requerían el diagnóstico de portadora, el cual se estableció en tres de ellas, se excluyó en cinco y no se pudo determinar en nueve. Las frecuencias encontradas en la muestra para el polimorfismo fueron de 63 por ciento para el alelo de tamaño y de 37 por ciento para el alelo de tamaño menor, determinando un porcentaje de mujeres heterocigotas (informativas) de 48.2 por ciento y fijando en este valor la utilidad teórica del polimorfismo en las familias aquí incluidas. Estas frecuencias muestran simulitud con las de las poblaciones mediterráneas y establecen que la utilidad del polimorfismo es mayor en nuestra muestra que en otros grupos étnicos.

Prevalence in two Mexican cities of human papilomavirus DNA sequences in cervical cancer

El cáncer cérvico uterino (CaCU) ocupa el 30 por ciento de todas las neoplasias de la mujer en México, resultando una de las principales causas de muerte por cáncer. En un estudio anterior en la ciudad de México, nuestro grupo reportó que sólo cinco de 16 muestras analizadas por transferencia Southern contenían secuencias virales integradas del papilomavirus humano tipo 16 (HPV16). En el presente trabajo, hemos extendido esta observación en un estudio comparativo de las ciudades de México, D!F!, y Monterrey, Nuevo León, incluyendo además otro tipo viral, el papilomavirus humano tipo 18 (HPV18), para determinar la frecuencia con la que se presentan en población mexicana los dos tipos de papilomavirus humanos más comunes en CaCU. Se determinó en primera instancia que la prevalencia de secuencias del HPV16 era similar en ambas poblaciones (4 de 14 para la ciudad de México y 6 de 23 para Monterrey); sin embargo, la presencia de secuencias de HPV18 fue aún más baja (una de 14 y una de 10, para las ciudades de México y Monterrey, respectivamente). En todos los tumores, las secuencias virales se encontraron integradas al genoma celular. Nuestros resultados muestran que existen una relativamente baja proporción de HPV16 Y 18 en tumores cervicales de población mexicana, sugiriendo que otros tipos de papilomavirus humanos o la presencia de un nuevo factor de riesgo (p.ej., activación de oncogenes) están involucrados en el desarrollo del CaCU en México.